| Capítulo 1 | |
| -Entrenamiento | |
| Capítulo 2 | |
| -La guerra de Wutai (parte 1) | |
| -La guerra de Wutai (parte 2) | |
| Capítulo 3 | |
| -Sector 8 y nuevas misiones | |
| -Pueblo Banora | |
| Capítulo 4 | |
| -La Clase 1 de soldado | |
| -Reactor Mako 5 | |
| Capítulo 5 | |
| -El mercado de los barrios bajos (parte 1) | |
| -El mercado de los barrios bajos (parte 2) | |
| Capítulo 6 | |
| -Espías de Wutai | |
| -En el frío con Cloud | |
| Capítulo 7 | |
| -Junon | |
| Capítulo 8 | |
| -Carros de flores | |
| Capítulo 9 | |
| -Nibelheim (parte opcional) | |
| -Nibelheim | |
| Capítulo 10 | |
| -La fuga | |
| Capítulo 11 | |
| -El enfrentamiento final (parte 1) | |
| -El enfrentamiento final (parte 2) | |
Después de unas escenas, un Soldado de segunda clase vendrá a hablar con Zack. Después de esto, acabarás conociendo a Lazard en la habitación de Briefing junto con Ángela. Cuando tengas el control, habla con Kunsel (el soldado de segunda clase) y síguele a la siguiente habitación.
Tienes que caminar hasta la terminal, la cual te dará un pequeño tutorial de como hacer misiones. Si vas al menú cuando estás en un punto de salvar, puedes seleccionar misiones. Éstas misiones consisten la mayoría en derrotar a enemigos y también en encontrar tesoros.
La primera misión es obligatoria y tienes que hacerla ahora. Acaba con 8 soldados (los mismos que los del principio) y conseguirás un Elixir como recompensa. Después de la escena con Kunsel, mira el armario 6 (cerca de Kunsel y coge el objeto de dentro. Examina el mismo armario 20 veces, se iniciará un diálogo y conseguirás otro objeto, del cual ya te darás cuenta de sus pros y también de sus contras.
Cuando estés listo, regresa a la habitación de Briefing ly habla con Ángela para continuar con la historia. Después de la escena estarás en Wutai y tendrás que luchar contra 3 enemigos (nada difícil). Después de otra escena podrás continuar tu camino. Una línea roja de puntos indica que no puedes dejar la zona por allí y la línea azul indica que si que puedes. A partir de ahora aparecerán los típicos combates aleatorios.
Baja por el camino. Puedes sacar el mapa pulsando el botón Cuadrado. Cuando estés a medio camino, verás otra escena con Angeal. Hay un punto para salvar después, y puedes ir a la siguiente zona. Después de la escena tendrás una pelea con varios soldados de Wutai, 25 normales y 2 sargentos, también hay 3 más en la pared. Después de la batalla, verás una pequeña escena seguida de una batalla con dos soldados y un sargento. Acaba con ellos y Zack recibirá una llamada de teléfono de Angeal.
Ahora tendrás estrellas en la parte superior izquierda de la pantalla. La idea es matar a tantos enemigos como puedas para conseguir el mejor ranking posible. Más tarde, conseguirás una recompensa basada en este ranking. Pasa por la puerta y pelea con unos enemigos, no te olvides de coger el cofre después. Sigue hacia adelante y tendrás otra pelea con dos soldados, seguidos de otros dos más adelante. Los soldados te dispararán desde lejos. Corre hacia ellos e intenta continuar. Los enemigos vendrán de una pared rotatoria, pues examínala después de la batalla y verás una pequeña escena seguida de otra batalla. Ahora deberías tener unas 6 estrellas llenas.
El siguiente cofre tiene una poción pero el que viene después de ese es falso y desencadenará en una batalla con soldados. Continua y lucha dos enemigos más. Después de eso otra batalla con 2 enemigos “raros” y 2 soldados. Examina la habitación cercana para un cofre con un Eter. También tendrás una batalla y verás una pared rotatoria, así que examínala y lucha con el sargento y los tres soldados. Ahora examina la torre de vigilancia y tendrás que luchar contra 2 sargentos y 2 enemigos más. El cofre de detrás de la torre tiene una Hi-Potion.